Microsoft .NET Framework 1.1 and 2.0 (Beta) Compatibility
Go Liveなんかもあることですし（私には無関係、.NET Framework 2.0 Beta対応アプリを何かリリースする予定もないし）、そうでなくてもあと半年もすればFrameworkの互換性は気にしなければならないわけです。
複数バージョンがインストールされていても問題ないはずですが、実際には考慮する点はあるようです。
アプリケーションのテスト方法やマイグレーションの手順が解説されています。